科技园由东北石油大学成立科技园管理委员会和管理办公室，在主管校长领导下，负责园区发展规划、基本建设、资产运营、科技发展等重大问题决策，协调落实上级主管部门、市政府、高新区给予科技园的各项优惠政策，解决科技园建设中的有关问题，以及各项具体工作的落实、实施和日常管理。
东北石油大学大学科技园发展有限责任公司下设综合办公室、企业管理服务部、创新创业管理服务中心3个部门。
